Semua penelitian harus mengacu pada roadmap Lembaga Penelitian UMK. Roadmap disusun berdasarkan Visi, Misi, Statuta dan Renstra UMK. Induk dari roadmap penelitian berada pada pusat studi yang terdiri dari :
1. Pusat Studi UMKM
2. Pusat Studi Kretek
3. Pusat Studi Gender
4. Pusat Studi Pembangunan Daerah
5. Pusat Studi Lingkungan
6. Pusat Studi Sains dan Teknologi
7. Pusat Studi Kebudayaan
8. Pusat Studi Resolusi Konflik Perdagangan Internasional
9. Pusat Studi Sentra Haki
Masing-masing Pusat Studi memiliki ciri khusus terkait substansi atau kontennya, sehingga akan tampak pada pendekatan yang digunakan, metodologi serta susunan tim peneliti. Oleh karena Pusat Studi bersifat multi disiplin maka penelitian yang akan dilakukan didorong tidak bersifat mono disiplin.Penelitian mono disiplin dikelola oleh Fakultas dan Program studi sesuai dengan Pusat-Pusat Kajian yang dibentuk.